Mit den GDAL-Tools kann man auch 1000 Geotiffs zu einer Datei mergen, die dann nach ARCASII wandeln und mit Compeland dann eine *.cdem erzeugen.
Dabei bitte beachten, dass GDAL um Äonen schneller ist, wenn man vorher mit gdalbuildvrt alle Kacheln zu einer virtuellen Datei zusammenfasst.