Somit ist es u.a. nicht möglich die störenden Ränder der neuen USGS Karten auszublenden
Was bringt dich zu der Annahme, die Geopdfs würden mehrere Layer enthalten?
Die Auto-Crop-Funktion von GM nimmt von Haus aus den Rand bei den USGS-Rasterkarten sehr zuverlässig und passgenau weg, das gilt auch für die Geopdf-Ausgaben.
Im Adobe Reader kann ich die einzelnen Layer sehen, u.a. kann man hier die Ränder ausblenden. Laut GM Forum sollte hierzu noch ein Update kommen, der Thread ist mittlerweile aber schon ein halbes Jahr alt 
Das ist iirc nur bei den neueren schon aus Vektordaten erstellten Karten so. Bei den älteren Karten ist nur ein in viele kleine jpeg-Kacheln zerlegter Scan in den PDFs enthalten.
Edit: GM fragt beim Öffnen der Geopdf-Datei, welche Layer gerendert werden sollen, dabei kann man sich die Karte nach dem persönlichen Bedarf zusammenstellen:
Die 13er Developer-Version, den aktuellen Build gibt es immer <hier>, da sind aber nur die Dateien zum aktualisieren einer vorhandenen Installation drin.
Du kannst auch mal die kostenlose GM-Version dlgv32pro für das USGS ausprobieren, deren Umfang soll etwas über der Demo liegen, habe ich aber selber nie ausprobiert.