Das einzige mir bekannte Navi/Software was keinerlei Begrenzung in den Wegpunkten hat, ist Mynav. Würde zu dem Erfordernissen des TO passen. Mynav kann man auch ohne deren Routingkarten laufen lassen, wenn man KMZ Rasterkarten verwendet. Das Routing entlang von Tracks und Routen (Modus: Frei) funktioniert dann auch noch.
Aber ehrlich: Wenn ich tausende Routingpunkte brauche, läuft was falsch. Wenn man beispielweise eine Route aus dem MTP in eine Abbiegeliste ausgibt, dann komme ich mit wenigen Hundert Punkten einmal quer durch Europa. Da kann eine Tagestour wohl kaum derart viele Punkte brauchen.