Hallo Peter,
klar geht das. In der GMW-Datei ist je Karte ein Abschnitt mit mehreren Zeilen wie z.B.
GCP="POINT01,0.0000000,0.0000000,3450004.0032538,5546246.0044342"
Das sind die "Ground Control Points" (vulgo Kalibrierpunkte) mit den Angaben Punkt-Nr.,Pixel X,Pixel Y,Projizierte Koordinate X, Projizierte Koordinate Y in dieser Reihenfolge.
Darunter folgt ein Abschnitt
in dem die Projektion mitsamt aller Parameter definiert ist, wobei die Namenskonventionen von Global Mapper eingehalten werden müssen.
Aber warum willst du darin manipulieren? Wenn du die Kalibrierung korrigieren willst, geh in das Overlay Control Center, dort Rechtsklick auf die gewünschte Karte und dann im Popup-Menü den ersten Punkt RECTIFY... auswählen.
Daß JPG als Format für Kartenscans suboptimal ist, sollte sich inzwischen rumgesprochen haben.