Datenbanken funktionieren ein wenig anders als Dateisystem. Das ist ja gerade der Grund warum man sie verwendet. 
In einer Datenbank wird das Element (der Track) abgespeichert und dann nur noch referenziert. D.h. ein Track kann in mehreren Projekten sein, die Daten sind aber immer die selben.
Das ist gut, weil wenn ich den Track ändere, ist er überall geändert z.B. in meinen Zusammenfassungsordnern.
Das ist schlecht aus den von Dir genannten Gründen. Allerdings fragt QMS beim Abspeichern des neuen Ordners, ob die lokale oder die Datenbankversion des Tracks verwendet werden soll. Und als dritte Option, ob ein Klon von dem Track erstellt werden soll. Und genau das musst Du in diesem Fall machen. Der Klon ist wieder ein eigenständiges Element, welches mit dem Ursprünglichen nichts mehr zu tun hat.
Warum ist ein Track, den man auf dem Arbeitsplatz gelöscht hat, nicht auch automatisch in der Datenbank gelöscht? Will man das wirklich? Nein! Wenn ich den Track im Arbeitsplatz lösche will ich ihn einfach nicht auf dem Arbeitsplatz haben. Das ist ja das geniale an der Datenbank. Ich muss nicht immer alles von einem Projekt in den Arbeitsplatz laden.
Wenn ich den Track nicht mehr in einem Datenbankprojekt haben möchte, dann lösche ich ihn im Datenbankfenster. Rechter Mausklick auf den Track und entfernen auswählen. Wenn der Track dann von keinem anderen Projekt referenziert wird, dann landet er in "Verloren & Gefunden". Erst wenn er dort gelöscht wird, ist er für immer weg.