Du kannst Ordner innerhalb einer Datenbank verschieben. Einfach mal mit der rechten Maustaste auf einen Ordner gehen.
Drag-n-Drop geht im Arbeitsplatz. Das hat sich allerdings als zu umständlich herausgestellt. Gerade bei großen Datenmengen. Auch hier kann man mit dem rechten Maustastenmenü vieles sehr viel schneller und gezielter erledigen.
Außerdem lassen sich die Elemente im Arbeitsplatz auch in der Karte auswählen (rechte Maus). Das ist manchmal sehr praktisch.
Theoretisch kann man die SQL Datenbank auch extern generieren. Ist ja alles OpenSource und offen. Allerdings wirst Du da ein wenig Arbeit reinstecken müssen, bzw Teile von QMapShack's Code übernehmen müssen. Zu jedem Element werden bestimmte Metadaten, wie der Name, ein Volltext zum Suchen etc abgelegt. Und dann das Element selber, als binärer Blob. Der beinhaltet alle Daten zu dem Element. Um diesen Blob zu erstellen, werden alle Daten über die von Qt zur Verfügung gestellte Serialisierung in ein Array geschrieben. Das ist alles bekannt und dokumentiert. Aufgrund der Komplexität der einzelnen Elemente ist das aber inzwischen recht viel Code.
Wenn Du ein bessere Handling zwischen Dateien und der Datenbank haben willst, dann musst Du das selber programmieren. Der Code steht jedem offen. Ich persönlich sehe da keinen Nutzen für mich und werde deswegen auch keine Zeit dafür aufbringen.