Hier ein riesiges Dankeschön an die beteiligten Entwickler von OSM 

Also OSM hat mit QMapShack eigentlich nichts zu schaffen. QMapShack kann Karten auf der Basis von OSM anzeigen. Hat aber sonst mit dem Verein nichts am Hut.
Ich kann mir nicht vorstellen, dass das so gewollt ist.
Ist es garantiert nicht. QMapShack liegt, wie auch schon der Vorgänger QLandkarte, seine Konfiguration im .config Ordner ab.
~/.config/QLandkarte/QMapShack.conf
Der Pfad sollte natürlich erreichbar und schreibbar sein. Außerdem werden viele der Einstellungen erst geschrieben, wenn das Programm ordnungsgemäß schließt. Also ohne einen Segmentation fault oder Ähnliches.
Wenn man QMapShack mit -d von der Konsole aus startet:
dann bekommt man ein paar Debugausgaben. Die letzten Worte beim Schließen sehen ungefähr so aus:
2018-09-17 13:51:31.419 [debug] slotSaveWorkspace()
2018-09-17 13:51:32.273 [debug] close database "MyData"
2018-09-17 13:51:32.947 [debug] CSingleInstanceProxy::~CSingleInstanceProxy()
Alternativ kann man QMapShack auch mal mit einer lokalen Konfigurationsdatei starten:
Mit der kann man ein wenig spielen, ohne die Hauptdatei zu zerstören.
Um auszuschließen, dass noch irgendein alter Scheiß im Weg steht, kann man den Config Ordner (~/.config/QLandkarte/) auch mal verschieben.