falls damit das hier gemeint war:
gpsbabel -w -r -t -i gpx,suppresswhite=0,logpoint=0,humminbirdextensions=0,garminextensions=0 -f C:\Users\EK\Documents\Minihomer\Data\EK2012-04-13-1134.gpx -o gpx,suppresswhite=0,logpoint=0,gpxver=1.1,humminbirdextensions=0,garminextensions=0 -F C:/Users/EK/Desktop/test.gpx
das hat leider nichts gebracht.
Aber zum Teufel mit gpx. Es ist jetzt eigentlich eher eine akademische Frage geworden. Man kann auch bequem aus der gpx mit GPSBabel eine gdb machen, dann klappt es problemlos.